深圳市中医院始建于1975年，包含光明院区、福田院区、针灸医院和科教中心“一院四区”，下属机构有深圳市中医药研究所、深圳市国际中医药人才培训中心、深圳市中药制剂中心。医院于1995年成为三级甲等中医医院;1998年成为广州中医药大学非直属附属医院;2012年成为广州中医药大学第四临床医学院;2019年成为南京中医药大学附属深圳医院。

医院现有职工2350人，其中卫生技术人员2156人，职称600余人，国家、省、市名优中医近60人。医院医疗设备总值超过6亿元，拥有多台型MRI和CT机、数字一体化手术室、3D腹腔镜、四维高端彩超等高精尖医疗设备。目前，医院年门急诊量200万余人次，开放床位近1000张，年出院病人近4次，已成为集医疗、教学、、预防、保健、康复为一体的大型综合性三级甲等中医医院，是深圳市中医医疗联盟、深圳治未病联盟、深圳市中医男科医疗技术专业联盟、粤港澳大湾区中医药临床传承创新研究中心抗痛风联盟、深圳市中医护理区域联盟牵头单位。

医院重视中医内涵建设，已形成国家、省、市重点专科梯队，现有卫健委国家临床重点专科2个(肝病科、肾病科);国家中医药重点学科2个(中医肝胆病学、中医肾病学);国家中医重点专科3个(肝病科、肾病科、针灸科)，国家中医重点专科建设单位3个(脾胃专科、内分泌专科、神志专科);省高水平临床重点专科5个;省中医名科4个;省中医重点专科12个;深圳市医学重点学科1个;市中医重点专科25个。

医院坚持“科教兴院”战略，拥有国家中医药管理局中医药三级实验室——临床细胞分子生物学实验室、国家药物临床试验机构(获认定8个专业)、国家医疗器械临床试验机构(备案36个专业)、中华中医药学会临床药师培训基地、深圳市民生重点实验室——针灸现代应用研究实验室、深圳市中药制剂研究重点实验室、3个深圳市医学创新平台建设项目，入选国家中医药传承创新工程重点中医医院，获批成为区域中医诊疗中心(肝病)建设单位、粤港澳大湾区中医药临床传承创新研究中心。在研课题160余项，医院牵头承担“十一五”、“十二五”、“十三五”科技重大专项各1项;国家自然科学基金课题30余项，获得国家、省、市科技进步奖30余项。医院先后成为广州中医药大学博士后流动站研究基地，广东省和深圳市“博士后创新实践基地”、“广东省联合培养研究生示范基地”、国家“博士后工作站”、国家住院医师规范化培训基地，广东省和深圳市中医专科护士培训基地，现有24位博士生导师、74位硕士生导师，有36个临床教研室，已形成博士、硕士、本科多层次的教学体系。在对外交流方面，医院先后与美国Thomas Jefferson 大学、德国Medical Park康复医院建立协作关系，与香港中文大学中医学院、香港浸会大学中医学院、香港执业中医师学会、香港中医学会会立中医学院、香港国际针灸学院等建立了固定的教学协作及学术交流关系;20多个专业学术团体挂靠医院成立。