广州市儿童医院1994年建立广州市儿究所，1997年被评为广东省高等院校第一批入选教学基地，1998年定为广州医学院附属儿童医院。1996年广州儿童医院新生儿专业被选为广东省"五个一"工程项目。广州市重症儿童救治中心于1998年成立，并被评为广州市"21世纪优先工程项目"，2003年被评为广州市重点学科、广东省特色专业。

广州市儿童医院门诊部设普通门诊和专科门诊，有小儿内科、外科、皮肤科、神经康复科、中医科、口腔科、眼科、耳鼻喉科、保健科、理疗科等，以满足不同患者的需求。2005年我院门诊量134万余人次，急诊抢救达98.34%。

广州市儿童医院住院部有400张床位，设感染、消化、呼吸、肾病、血液、神经康复、心血管、内分泌、新生儿内科、新生儿外科、泌尿外科、骨科、新生儿外科、烧伤、小儿普外、心胸外科、口腔外科、耳鼻咽喉科、眼科等病区。2005年出院病人2.1万余人次。