解放军总医院第二附属医院(原解放军第三○九医院)成立于1958年，前身是由南京军事学院附属医院、第四十一医院和第三一五医院组建而成的。组建之初，隶属解放军总医院。1960年11月医院划归总后直接领导。2004年5月，并入解放军总医院。

经过47年的建设和发展，解放军总医院第二附属医院现已成为北京市西北郊的三级甲等大型综合性医院。院长刘希华。医院全军结核病中心，已通过总部申报结核病研究所考评;移植医学中心累计已实施肾脏移植1420例、肝脏移植186例，并成功完成心脏移植、肝肾、胰肾联合移植和造血干细胞移植。

医院骨科、普通外科、肝胆外科、消化内科等学科在军内外享有较高声誉。神经疾病、心血管病、呼吸系统疾病等多个专科列入解放军总医院临床医学专科中心。

医院占地74万平方米，先后被评为北京市花园式单位，首都文明单位，爱婴医院，是第四军医大学、天津武警医学院等院校的教学医院，是北京市医疗保险定点医院，海淀区“物价、计量信得过”单位。在抗击“非典”工作中，医院被中组部授予“全国防治非典型肺炎工作基层党组织”，医院党委被授予“全军党组织”称号。2005年5月，被国务院表彰为“全国民族团结进步模范集体”。

目前，医院展开床位1000余张，医务人员1200余名。其中，专业技术职务130名，博士及硕士研究生100余名，博士生导师5名，硕士生导师20余名。

医院拥有1.5T核磁共振、16层螺旋CT、数字胃肠机、血管造影机和数字X线照相机等国际医疗设备及经皮电视腹腔镜、医用直线加速器、头部及体部X刀等一批医疗设备，总值1.6亿元。手术室全部为百级和负压标准。无菌层流病房、血液净化病房和重症监护病房均达到国内水平。医院实现了数字化远程教学、交流和会诊。医院落实科学发展观，坚持“以人为本”，奉行“病人至上，质量第一”的原则，面向社会，服务军民，竭诚为军内外求医者提供医疗服务。