南普陀中医院由南普陀寺慈善会主办，位于南普陀院内，在南普陀寺慈善会西侧的一座二层小楼就是。医院建筑面积有1243平方米，设有14个诊室、20张床位。

医院以中医诊疗为特色，包括传统的药物疗法(内服、外用)，非药物治疗(针刺、艾灸、推拿、拔罐、熏蒸等)，以及将传统中医药与现代医学相结合的中西医结合治疗方法。厦门市第一医院和厦门市中医院是南普陀中医院的技术支持单位。

南普陀中医院的医生主要包括三类，一类是专职医生，有7名，都是中青年高学历的医师;一类是来自全国各地的义诊专家，有100多名，其中副高以上职称的有40多名，甚至还有多位来自北京、广州、辽宁、山东等地的“大咖”级中医专家;还有一类是多点执业的医生，目前有一批厦门名老中医正在办理多点执业手续。今后，他们将在南普陀中医院坐诊，包括厦门人非常熟悉的涂福音、卢泰坤、杨叔禹、吴耀南、高树彬、翁丽丽等知名老中医。