新疆维吾尔自治区中医医院成立于1959年7月1日。1986年4 月，医院成为新疆中医学院附属医院；1998年9月，医院成为新疆医科大学附属中医医院。2001年11月，医院与新疆维吾尔自治区中医研究所合并,同时挂新疆维吾尔自治区中医药研究院、新疆医科大学第四临床医学院和新疆中医名方研究开发中心的牌子。六十余年的积淀，尤其是近二十年来的发展，医院已成为全国规模较大、中西医人才汇聚、学科设置齐全、技术力量雄厚、中医特色突出、设备配套，集医疗、教学、、预防保健和康复于一体的三级甲等中医医院。医院同时是国家中医临床研究基地、国家中医药传承创新工程重点中医医院项目建设单位、国家中医药优势特色教育培训基地、国家中药炮制传承基地、国家“中医药国际合作基地”、国家药物临床试验机构、并设有博士后工作站。医院中药炮制研究实验室及呼吸病研究实验室是自治区重点实验室。

医院设有100个临床医技科室，27个行政后勤科室，3个门诊部，1个分院，1个分部。医院现有职工三千余人。医院有国医大师1人，全国名中医3人，国务院政府特殊专家9人，岐黄学者1人，青年岐黄学者1人，自治区中医民族医4人，全国老中医药专家学术经验继承指导老师19人。

医院始终坚持“以顾客为关注焦点，以员工为中心，以中医药为本，永续创新”的宗旨和“追求诚信，共享仁爱健康”的院训，明确医院的目标定位，突出中医药特色，加快实施服务立院、人才兴院、强院和、名科、名院的“三名”战略，初步实现了“患者满意、员工爱戴、专家认同、社会推崇”的发展目标。医院现有4个“国家临床重点专科（中医专业）”（心血管病科、骨伤科、皮肤病科、肺病科），10个国家中医药管理局“十二五”重点专科[心血管科、骨伤科、内分泌科、急诊科、皮肤科、肺病科、针灸科，重症医学科（培育项目）、临床药学（培育项目）、护理学（培育项目）]，8个国家中医药管理局重点学科[中医骨伤科学、中医皮肤病学、中医老年病学、临床中药学、中医肺病学、中医心病学、中医络病学（培育项目）、中医文化学（培育项目）]，4个国家中医药管理局区域中医（专科）诊疗中心项目[肺病专科、皮肤病专科、心血管专科、急诊（重症医学科）专科（培育项目）]，10个自治区级重点学科（中医肛肠病学、中医肺病学、中医内分泌病学、中医皮肤病学、中医脑病学、中医肾病学、推拿学、中医脾胃病学、中医心病学、针灸学）；3个自治区临床重点专科（脑病科、检验科、医学影像科）。

医院中医药特色享誉全国各地，常年开展的中医特色诊疗技术项目达100余项，针灸、推拿、小针刀、中医食疗、中药熏洗、浸浴、溻渍、贴敷等中医特色技术项目深受广大患者的欢迎。同时，医院拥有PET- CT、ECT、电子直线加速器、3.0T磁共振、双源CT、DSA、数字胃肠机、4K高清腹腔镜、检验流水线等的医疗设备，开展了心脑血管介入治疗、心脏搭桥手术、人工关节置换手术、脊柱椎间孔镜手术、胸腔镜手术、关节镜手术、经内镜支气管热成型手术、支气管镜电磁导航技术、气管内硅酮支架植入术，房颤冷冻球囊治疗,血管内热交换降温等多学科手术，部分技术处于疆内水平。

近年来，医院坚持以“打基础，建机制，重创新”的发展战略，加强工作，能力取得了长足进步。医院各级各类科学研究立项课题层次和数量提升迅速。2019年至2021年，立项358项，国家自然科学基金项目22项，2020年获国家重点研究子课题一项，省部级项目104项。

作为新疆医科大学第四临床医学院，我院设有13个临床教研室：中医内科教研室、中医外科教研室、中医妇科教研室、中医儿科教研室、中西医结合内科教研室、中西医结合外科教研室、中西医结合妇科教研室、中医骨伤教研室、中医推拿教研室、诊断学基础教研室、护理学教研室、中医康复教研室、针灸临床教研室。2016年至今获医学教育分会和中国高等教育学会医学教育专业医学教育研究课题4项；新疆维吾尔自治区教育教学改革项目4项，新疆医科大学教育教学改革课题23项；新疆医科大学资源共享课程2项、视频公开课1项；指导本科生参与大学生创新计划项目立项自治区级3项、校级18项。

医院坚持“围绕新疆工作总目标抓党建，发挥医院党建优势促进发展”的党建工作理念。医院共有党总支9个，在职党总支8个，退休党总支1个，共有党员1349名。党的组织健全、党建工作与临床业务工作紧密结合，党的建设与医院事业协同发展、相互促进，党的基层组织战斗堡垒作用和党员先锋模范作用不断发挥，思想政治工作不断加强，党风廉政建设和行业作风建设等从严治党要求不断深化，职代会、群团工作的桥梁纽带作用显着发挥。职工爱院如家，有着较强的凝聚力和向心力，医院和谐稳定、蓬勃发展。

医院先后获得“全国卫生系统集体”“全国卫生系统行风建设单位”“中医药科技管理工作集体”“全国中医护理集体”“全国医院（卫生）文化建设单位”（4次）“全国卫生系统思想政治工作单位”、“全国百家改革创新医院”、“全国人文爱心医院”、“中国抗疫医疗专家组组派工作表现突出单位”等称号，连续六届荣获“全国文明单位”称号。2003年，医院在全疆三级甲等医院中率先通过了ISO9001：2000质量管理体系认证。2013年，医院伦理被世界中医药学会联合会伦理审查确定为“中医药临床研究伦理审查平台”单位。