1970、80年代，远东集团创办人徐有庠先生于台北县板桥、土城一带，工厂林立、人口密集，却没有任何一家大型现代化医院，每有重大伤患或急症病人，均须转送台北巿，却因路途遥远，延误就医之憾事时有所闻。徐创办人因之秉持「取诸社会，用诸社会」理念，捐款成立徐元智先生医药基金会，以自建医院、急诊、贫病义诊，及奖励医药研究为宗旨，于1981年4月1日在板桥创设亚东纪念医院，初期以150张病床开张服务。1983年本院评为二级教学医院，1985年获评为二级教学医院，1988年评为区域医院，1991～1997年成为区域医院暨教学医院，2000～2003年获评为区域医院暨乙类教学医院。

1999年本院与台大医院策略联盟，由朱树勋教授出任院长，同年主管营确立迈向医学中心之愿景，2006年顺利通过卫生署评定成为台北县第一家医学中心。2009年修改确认「成为民众的医学中心」的新愿景并再度通过新制医学中心评，并于2013年再度通过医学中心评，充分落实基金会设立之宗旨。