昌平县医院的前身“昌平县大众医药社”于1946年在长陵乡上口村成立，1948年12月12日随县政府迁至昌平县城。1949年3月“昌平县大众医药社”改称为“昌平县卫生院”。1956年“昌平县卫生院”改称为“昌平区卫生院”，同年秋后迁至昌平镇和平街4号（现在院址）。1957年12月27日“昌平县卫生院”升为“昌平区医院”，1960年1月，“昌平区医院”改称为“昌平县医院”。

昌平县医院隶属于昌平县卫生局，是一所全县历史长，规模大的综合医院，是全县医疗、急救、、教学、预防的中心。主要负责全县区域内40余的医疗急救工作；担负着北京高等专科学校和昌平卫生学校教学实习任务；承担全县乡镇卫生院的业务指导和技术培训工作；承担大型活动的保健工作，如亚运会自行车赛场保健工作；承担每年的高考体检工作；完成上级业务主管部门下达的工作任务，承办县委县政府交办的各项工作，如1997年度全县征兵体检全部由昌平县医院承担，医院克服重重困难，腾出房屋16间，抽调有关科室的技术骨干，严格执行体检标准，全力以赴做好体检工作，保质保量地圆满完成了征兵体检任务，接受了中央军委领导的检查，得到了领导的肯定和好评。这在全市范围内医院承担这样大型的体检任务尚属首例。

昌平县医院是一所三级综合医院，现有职工793人，床位447张。医院科室齐全，设有内科，外科，妇产科、儿科、肿瘤科、中医、针灸、按摩、眼科、耳鼻喉科、口腔科、皮肤性病科、功能检查科、药剂科、制剂科、麻醉科、病理科、理疗科、防保科、激光治疗室、手术室等30个科室。设有内科病房、外科病房、妇产科病房、儿科病房、肿瘤科病房、中西医结合病房、五官科病房以及外宾、干部病房等13个病区和1个机构-临床药学研究室。专业专科建设齐全，外科设有普外、神外、胸外、泌尿外肛肠、小儿外、显微外科等专业。内科设有心血管、血液病、消化病、内分泌、肾病、呼吸等专业，肿瘤设有肿内，肿外专业，以及妇科、产科和新生儿等专业专科。

行政后勤科室配套齐全，设有党办、工会共青团、院办、管理办、人事科、财务科、公费医疗办、医务科、科教科、门诊部、护理部、大病统筹办，感染办、保卫科、总务科、基建科、器械科、固定资产办等科室。