北京普祥中医肿瘤医院始建于2006年，原名“北京亦庄中医肿瘤医院”，2006年6月，经北京市卫生局批准正式更名为北京普祥中医肿瘤医院，2006年12月，经北京市劳动和社会局批准，成为北京市医疗保险定点医疗机构；2007年6月，被国家中医药管理局正式批准为国家二级中医专科肿瘤医院，是一所集医疗、教学、、预防保健为一体，联袂中国科学医学院广安门医院，以中医为特色的肿瘤专科民营二级甲等医院。医院拥有的肿瘤专家团队。其中，享受国务院专家两名，博士生导师两名，美国杜克大学顾问、研究员，国内专家三名，拥有和临床治疗的专家团队，特别是在中医肿瘤的研发和治疗上有较深的造诣，采用以人为本的中西医治疗方案，其中有恶性肿瘤的中医治疗，恶性肿瘤规范化化疗，恶性肿瘤分子靶向化治疗，恶性肿瘤微创介入治疗，恶性肿瘤术手术治疗，以及肿瘤患者的家属心理干预治疗，恶性肿瘤生物免疫治疗，恶性肿瘤治疗药物个体化筛选、治疗预测与评估，恶性肿瘤患者免疫功能评估及功能重建，晚期恶性肿瘤的姑息治疗及细胞免疫治疗解决了放化疗治疗肿瘤产生的巨大的毒、晚期肿瘤和难治性的肿瘤治疗难题。医院不仅着重加大肿瘤专科建设，还增设中医科、肿瘤营养科、中医理疗科、肛肠科等科室。并制定了与其对应的定位和发展目标，完善了肿瘤科建设发展规划和工作计划。肿瘤科针对各种肿瘤难症制定了具有中医特色的诊疗方案，并定期对其实施情况与与临床进行评估与总结。从而加强了以中医为核心，中西医结合治疗肿瘤的特色专科内涵建设，为打造我院中医治疗肿瘤特色品牌奠定了良好的基础。2015年，病房主病主证采用中医、中西医（三合一治疗）结合治疗肿瘤，好转率达84.45%，甲级病案率95%。门诊使用中医药方法（中药、针灸、按摩等）治疗人次占门诊总人次的98%，中医临床科室门诊日均中药饮片处方数占本科室门诊处方总数的比例为90%，中医临床科室中药处方合格率为99%。