北京航空航天大学医院是在北京市卫生局登记注册的正式名称，隶属北京航空航天大学，对内俗称校医院。校医院是1959年由原来的卫生科扩建为医院。1988年由北京市卫生局批准为高校系统区级医院。1999年由海淀区卫生局批准为一级甲等医院。2000年10月由北京市劳动和社会局、北京市卫生局批准为医疗保险改革定点医院（北京市政府文件公布的医疗保险改革定点医院中，高校校医院中只有北京大学校医院和北航校医院两家）。2001年由北京市卫生局批准为北航社区卫生服务中心。

医院位于大学院内西南侧，占地8500平方米，主要建筑为“工”字形二层结构，医院全部建筑面积10550平方米。

现有员工95人，其中主任医师1人，副主任医师14人，主治医师20人，医师3人，主管护师11人，护师10人，护士3人，主管药师3人，药师2人，主管检验师2人，技师1人，检验师1人，药士2人，中药士1人，放射医学技术初级1人。

医院实行院长负责制，现有正、副院长及总支书记共五人。医院编制九个科室：全科、妇儿中心、中医科、口腔中心、辅助科、药剂科、护理部、综合办公室、保健科。同时在沙河校区设立医务室，包括诊室、药房、急诊室和化验室。设有急诊值班室，每天24小时有医师和护士轮流值班及随时出诊，上门为急诊患者服务。医院还设有社区服务站，派出全科医师及护师开展社区服务工作，建立家庭病床，上门出诊、输液等，为居民服务。