江门市疾病预防控制中心的前身是创建于1953年的江门市卫生防疫站，从原来的一个技术力量薄弱、设备简陋的小站，在实践中不断探索，逐步发展壮大。1997年通过评审，被卫生部命名为“地市级一等卫生防疫站”。
乘着卫生体制改革的春风，2002年1月8日，江门市疾病预防控制中心以原市卫生防疫站为主体，并入两区防疫站后重新组建，与江门市卫生检验中心一个机构两块牌子，是江门五邑地区的疾病预防控制、卫生监测检验、培训的技术指导中心。内设传染病预防控制科、计划免疫科、艾滋病预防控制科、性病麻风病预防控制科、寄生虫病预防控制科、慢性非传染性疾病预防控制科、病媒生物预防控制科、健康教育科（市健康教育中心）、消毒与医院感染控制科、环境与学校卫生科、食品安全和地方病预防控制科、公共卫生应急科、病原微生物检验科、理化检验科、热带病预防控制科、办公室、财务科、后勤科、科教与质量管理科、信息与网络管理科等20个科室。
在“预防为主”的卫生工作方针指引下，我市坚持防治结合，扎实开展疾病控制各项工作，取得显著成绩，先后消灭或基本消灭了天花、血吸虫病、丝虫病、脊髓灰质炎等传染病，全市已实现连续多年无白喉、乙脑、脊髓灰质炎和百日咳病例，新生儿破伤风和麻疹的发病率也控制在国家相应的标准之下，其他一些曾经危害当地群众健康的传染病、地方病得到有效的控制。全市食品、饮用水、公共场所、学校、医院等卫生监测率和合格率逐年提高，公共卫生状况不断改善。
我中心多次荣获全国、省、市授予的“单位”称号，本中心1993年通过省计量认证；1995年被市政府授予“集体”、贯彻计量法单位；1997年通过考核评审成为地级一等卫生防疫站；通过科技事业单位档案管理国家二级评审；1998年被江门市人民政府授予消灭丝虫病集体；2000年实现消灭脊灰炎，实现消除碘缺乏病阶段目标，稳定控制人间布鲁氏菌病达标；2001年被省疾控中心评为“九五”期间防治肠道寄生虫病单位，预防用生物制品管理单位；2001年获江门市政府授予“预防和控制中小学生流行病学系列研究”二等奖荣誉证书；2002年通过广东省卫生监督检验检测机构资格认定；2003年通过广东省计量认证转版复审，被广东省、江门市人民政府授予“抗‘非典’模范单位”称号；2004年通过实验室国家认可，并经卫生部审核通过HIV确认实验室评审；2006、2007年通过实验室认可委的监督评审；2007年通过ISO9001质量管理体系现场评审，2011年通过食品检验机构资质认定，是我省6个获得食品检验机构资质认定机构之一，已基本具备了水质106项指标的检测能力。