温州市疾病预防控制中心于2000年7月根据温政办〔2000〕19号文件撤消原温州市防疫站、原市结核病防治所、原市皮防站、原市健康教育所，合并成立作为市卫生局领导下具体实施政府疾病预防控制职能的全额拨款的全民事业单位，是温州市疾病预防控制、卫生检验监测、健康教育、培训等业务技术的指导中心、信息管理中心、人才培训中心。

目前市疾控中心编制160人，在编154人，硕士以上30人、大学78人，占62.09%;专业技术人员134人，其中技术职称24人，占17.91%;中级技术职称62人，占46.27%。现设职能科室6个、业务科室13个。主要负责全市疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与干预、实验室检测检验与评价、健康教育与健康促进、技术管理与应用研究指导等工作。

2005年4月，高15层、建筑面积约2万平方米的疾控新大楼正式启用。几年来，中心始终坚持以人为本、开拓创新，不断完善突发公共卫生应急体系，履行疾病防控职责，取得了显著的成效。近年来，市疾控中心加强传染病的预警和监测能力，及时处置各类突发公共卫生事件，在“非典”、禽流感、霍乱、手足口病、艾滋病、结核病、麻疹、甲流等重大传染病的防控工作中发挥了重要作用。免疫接种门诊规范化建设不断巩固，建成254家规范化预防接种门诊，其中17家五规范化预防接种门诊，34家三规范化预防接种门诊，201家规范化预防接种门诊，2家山区/海岛接种点，走在全省前列;2012年入选浙江省第三批公共卫生基层卫生适宜技术示范基地，成为的地市级公共卫生基层卫生适宜技术示范基地;市疾控中心实验室拥有超液相色谱-三重四极杆质谱联用仪、液相色谱-电感耦合等离子体质谱联用仪、气相色谱质谱联用仪等一批国际的检测仪器和设备。拥有7个生物安全二级实验室及多个百级净化实验室。

目前检测能力项目已达919项。传染病现场流行病学是省市重点学科，理化检验和慢性病流行病学是市医学重点学科，2012年接到陕西省汉中市求助，为该市发生的群众误食野生蘑菇中毒事件提供技术检测，检出毒蘑菇毒素，为采取正确救治方案赢得宝贵时间。2006年9月建立艾滋病确证实验室，是温州一家艾滋病确证实验室，目前全市共建有艾滋病检测实验室202家，其中检测点147家，覆盖全市各县区;2013年11月温州市疾控中心艾滋病确证实验室顺利通过省卫生厅评审专家组的现场评审，成为全省第二批也是新评审标准实施后的二级生物安全示范实验室;开展职业卫生有害因素监测、调查、控制和卫生学评价，放射卫生场所监测与评价，是温州市一家职业病(尘肺与中毒)诊断机构;近年来，与国家CDC合作开展的汉坦病毒研究获得新进展，研究发现我国社鼠所携带的独立新种--汉坦病毒;在温州龙湾区城郊结合部发现了新亚型索托帕拉雅病毒，属国内发现。