佛山市中医院三水医院前身为佛山市三水区中医院，三水区中医院由复办于1983年2月的原三水县中医院发展而成。三水县中医院复办当年房屋面积260平方米，员工22人，其中中医药人员8人，开设中医内儿科、骨伤科、针灸科门诊，当年门诊量87173人次。1984年迁入到西南镇人民一路46号，2011年12月27日顺利迁至西南街道环城路2号。上世纪90年代中期，医院被评为二级甲等中医医院。

由于卫生体制政策的不断变化，人民群众对医疗保健的要求日益提高，三水区中医院已不能适应社会的需求，且医院位置偏僻，交通不便，医疗业务用房严重不足，设备陈旧老化，医院人力资源配置也严重不合理，开放不足100张的住院病床，医院发展徘徊不前。
2005年10月，三水区中医院迎来了中医药事业振兴的历史机遇！本着资源共享，优势互补、互惠互利、共同发展的原则，三水区人民政府与佛山市中医院签约将原三水区中医院整合建设为“佛山市中医院三水分院”。
2011年4月，“佛山市中医院三水分院”更名为“佛山市中医院三水医院”。
2012年10月26日，三水区政府和佛山市中医院审时度势、高瞻远瞩，高度重视三水中医药事业的发展，通过充分沟通、协商，达成一致，以建设现代化、高标准的中医医院为宗旨，以医疗救治为中心，为三水人民提供更好的中医药服务，佛山市中医院三水医院新增挂“三水区中医院”牌子，为佛山市中医院三水医院作为三水区中医中药的龙头医疗机构，更好地履行区（县）级中医院和公立医院的职责与义务，开拓了新的道路。
2014年12月12日，医院增挂“广州中医药大学附属佛山市中医院三水医院”牌子，标志着广州中医药大学和佛山市中医院的合作迈向更深层次，将大力促进三水中医院在专科、学科、人才以及医疗质量和医德医风等方面的建设，对于推动三水的医疗卫生水平提高和中医药事业的发展也将产生积极影响，为三水市民提供更优质的服务。

整合以来，佛山市中医院从领导班子到普通员工，对三水分院的发展始终给予高度关注和人财物的大力支持，派驻多位管理精英和各科专家支持三水分院，在医院建设、制度完善、专科发展、人才培训等方面进行传、帮、带。从2006年开始着手筹划医疗综合大楼的建设，并于2008年10月正式确定工程建设方案，在整个工程建设过程中，总院指派一名领导和相关职能部门人员负责和指导工程建设，工程的顺利进行。
医院围绕“树正气，抓质量，重服务，讲效益，保安全，顾大局，求发展，创品牌”的发展思路，依托总院的品牌效应与资源优势，不断强化全体员工的服务意识，优化服务流程，重视技能培训，突出中医药特色，增加设备投入，先后投资近2000万元更新医疗设备。医院在基础设施建设、规范管理、专业技术人员培养、重点专科建设、中医护理、药事管理等方面，均取得了显著成效。医疗技术与服务水平明显提高，临床取得长足进步。医院拥有3个区级医学重点专科和1个区级医学特色专科。3个区级医学重点专科分别是骨伤科、针灸推拿科、中西医结合糖尿病专科，1个区级医学特色专科为中西医结合心血管专科。
医疗综合大楼建筑面积约33000平方米，主楼11层，裙楼3层，地下1层，总投入资金约1.5亿元。裙楼为门诊部，主楼设置7个住院病区，开放床位350张。
医院现有在岗员工559人，其中：硕士研究生导师2人，主任医师11人，副主任医师26人，副主任护师13人，技术职称50人，中级技术职称121人，各类专业技术人员457人。设有急诊科、骨伤科、内科、针灸推拿科、康复科、外科、儿科、麻醉科、深切治疗部（ICU）、妇科、眼科、耳鼻喉科、皮肤科、口腔科、体检科、治未病科、药剂科、医学影像科、功能检查科、检验科等临床、医技科室。

医院拥有西门子SOMATOM Emotion 16排螺旋CT机，西门子数字化X线摄片机（DR），西门子C臂X光机，西门子床边X光机，奥林巴斯AU-400、贝克曼AU-680全自动生化分析仪，奥林巴斯腹腔镜、输尿管镜、电子胃镜和肠镜、电子纤维支气管镜，体外震波碎石机，日立彩色B超，Drager麻醉机，夏美顿呼吸机，血液透析机，美国爱尔康超声乳化仪，心脏除颤器，X线骨密度检测仪，中央监护仪等价值超过4000万元的医疗设备。

新医疗综合大楼的使用，使佛山中医院三水医院告别了地点偏远、交通不便、房屋陈旧、设施落后的时代，开启了中医院现代化建设新里程，医院将以此为新起点，以更高的要求、更高的标准来建设医院，发展医院，以“服务好、质量好、医德好、群众满意”为己任，为三水区的经济腾飞，为三水市民的健康，做出应有的贡献。