医院科室齐全，现开设6个病区，12个医技科室。医院肿瘤放疗科和肿瘤内科是市级临床重点专科。肿瘤放疗科是全市规模大、设备、技术、功能齐全的放疗科基地。肿瘤内科积极开展新技术、新项目，形成了多途径化疗综合性治疗肿瘤的科学模式，如开展的电化疗、时辰化疗、微量泵持续输注、热疗、四联疗法治疗肿瘤好，小。肿瘤外科正常开展各种常见病，多发病的诊断和手术治疗，普外科在全市率先开展无血肝脏肿瘤切除技术，治疗各部位肝癌，肝血管瘤、肝囊肿均取得满意。胸外科在苏北率先开展肺癌、肺切除、肺气管袖状切除，对食管中、上段肿瘤、肺癌手术治疗处于市内水平。

作为省肿瘤医院的协作中心，由省肿瘤医院每月两次定期派专家亲诊，提高了医院在肿瘤诊治和方面水平，盐阜肿瘤患者不出盐城就能享受省城专家高水平的诊疗。