扬州五台山医院始建于1957年5月，建院时院名为江苏省复员建设军人精神病医院，职工总数73人，其中医技人员29人，行政后勤人员44人，核定床位300张。1958年2月正式收治病人，主要收治对象为全省在乡复员军人精神病患者。1964年医院门诊对外开放，并附设床位46张，主要服务对象为周边工厂和居民。1979年12月改院名为"江苏省复员退伍军人精神病医院"。党的十一届三中全会以后，为适应改革开放形势的需要，1987年8月经江苏省民政厅同意，对外使用江苏省扬州五台山医院院名。70年代以来医院不断扩大对外开放，积极拓展服务范围，除收治男女各类社会精神病人外，先后开设了心理科、神经内科、神经科、老年康复科、癫痫科等特色专科，积极为扬州及周边地区患者提供优质医疗服务。

医院位于历史文化名城——扬州市新民路，设有临床、医技、行政管理科室20个，并建有临床精神医学、癫痫、心理、司法精神病学等四个重点学科。医院主要担负着全省在乡复员退伍军人精神病患者、苏北地区精神病患者的医疗、心理保健、社区防治、司法鉴定以及扬州大学医学院精神医学专业教学、综合医院会诊，专业人员培训等任务。

医院重视科学管理、注重重点学科人才培养及医疗质量和医德医风建设，各项工作都取得了发展。