越秀区口腔医院（原东山区口腔医院）历史早追溯到1954年，是年8月，东山联合牙科诊所成立。1958年8月，全区联合牙科诊所实行大联合（简称医联）。1964年1月，口腔专线实行统一管理，成立了东山区口腔疾病防治所，1985年12月，升格为东山区口腔病防治医院，1999年6月更名为东山区口腔医院。

根据原东山区医疗机构改革的精神，东山区口腔医院于2000年2月23日由东华东路623号迁往白云路竹南大街14号。

越秀区口腔医院相当二级口腔医院规模，设医院总部及下辖三个门诊部。医院总部新门诊楼面积约800平方米，设有音响系统、闭路电视、对讲系统、监控系统及数控系统等设备。