第一医院杏林院区的前身是厦门市杏林医院，创建于1959年，是一所集医疗、急救、保健、、教学为一体的综合性市属二级甲等医院。2003年6月，第一医院和杏林医院正式合并。

杏林院区目前开放床位320张，现有职工435人，其中医生126人，护理人员154人，药剂人员22人、检验人员14人。院区目前设有肺科、感染性疾病科、内科、外科、妇产科、儿科、中医科、口腔科、麻醉手术室、理疗科、耳鼻喉头颈外科等临床科室，其中，肺科和感染科是医院的一级科室，院区外科、妇产科、耳鼻喉头颈外科与医院有关一级科室合并后，实行了医疗资源共享和一体化管理。院区拥有日本产X线机、进口彩色超声诊断仪、全自动生化仪、心电工作站、儿科高压氧舱、红外线乳腺诊断仪、裂隙灯显微照相、6个多功能手术台、多功能麻醉机、数字多功能胃肠机、CT机及3D工作站等。

院区能够实施对各种危、急、重及疑难病症的诊断及抢救治疗。肺科原为鼓浪屿肺科，创建于1898年，经百余年的发展，成为专治肺病的特色专科，求治病人遍及海内外，现任主任裴新亚是厦门市防治非典型性肺炎和高致病性禽流感专家组组长，该科拥有国内的设施，如气道超声和各种型号的气管镜等，主要收治重症、难治性

肺结核及各系统结核病、肺部肿瘤性疾病、呼吸内科各种急重症、疑惑病。新成立的感染性疾病科，主任由知名肝科专家刘家俊担任，目标是建立省内、国内的，集医、教、研三大功能的，现代化的感染病临床医疗服务中心。内科以心内科为重点，开展了心脏电生理检查、冠心病定位诊断、24小时动态心电图、24小时动态血压、光量子氧透射治疗；外科两个病区可开展肝胆胰血管外科、普外科、骨科、创伤外科、胸外科、泌尿外科等专业；妇产科配有专门的检查室和治疗室、实验室和图书室，在门诊开展人流、宫颈疾病筛查与治疗、输卵管通液及造影术等，并率先在我市开展出生缺陷监测、胎儿监护、新生儿复苏培训、分娩等工作；儿科主要负责各类儿科疾病的诊治和儿科危重病人的抢救。

由于杏林院区各科室与厦门院区相关科室逐步融合，杏林院区整体医疗水平和质量将不断提高。