正蓝旗医院始建于一九五二年，其前身是一九五二年建立的正蓝旗卫生院（现正蓝旗那日图苏木）和明太旗卫生院（现正蓝旗宝沙岱苏木），一九五六年，二旗合并称正蓝旗，两个卫生院也合并在一起，正式成立了正蓝旗医院。

目前正蓝旗医院是一所集医疗、教学、、预防和保健为一体的二级乙等综合性医院。位于正蓝旗上都镇金莲川大街东段南侧，总占地面积32000平米，拥有门诊综合楼4468平米，独立的传染病区652.95平米，附属用房1200平米，拥有CT、数字x光机，全自动生化仪、彩超、500毫安X光机等大型医疗设备8台件，固定资产总值746.7万元。目前新建的病房楼9386平米，业务用房达15000平米，开设病床150张；旗医院现有职工205人，专业技术人员占72％比例，拥有职称22人，中级职称人员43人，开设内、外、妇、儿、急诊、中医、五官、皮肤等临床科室13个，医技科室4个，护理单元5个，行政后勤科室5个，二0一二年总诊疗人次6万余人次，住院1965人次，病床使用率达86%，业务收入1325万元。二0一三年现诊疗人次5万余人次，住院2727人次，病床使用率达83%，业务收入1600万元。