准格尔旗中蒙医院是一所集医疗、预防、保健、康复、教学、为一体的具有中蒙医特色的国家“三级乙等中医蒙医医院”。准格尔旗中蒙医院于1981年在院旗政府所在地沙圪堵镇建院。2002年12月准格尔旗中蒙医院由沙圪堵镇整体搬迁至旗政府驻地薛家湾镇。2005年5月开始在薛家湾新建准格尔旗中蒙医院，2006年3月新院建成并投入使用。后经多次回购、扩建形成现在的规模，整体占地面积12000平方米，建筑面积30000平方米。准格尔旗中蒙医院总体由门诊楼、医技楼、东西住院楼、体检楼、感染性疾病楼等五部分组成。

准格尔旗中蒙医院于1997年8月被国家中医药管理局授予“二级甲等中蒙医院”称号。2011年底被内蒙古自治区卫生厅确定为“三级乙等中医蒙医医院”。2015年被国家中医药管理局评为“三级乙等中医蒙医医院”。

医院实际开放病床400张。在岗580人，其中：91人，中级120人，研究生22人。医院内设党组织办公室、医院办公室、人力资源管理科、医务科、护理部、科教科、计划财务科、总务科、药剂科、临床药学部、质量管理科、感染管理科、信息科、物价审计科、医学装备管理科、公共卫生科、医共体办公室、健康教育科、宣传科、安全管理办公室、绩效管理办公室、医改办、医保科等党政职能科室和急诊科、内科（肺病科<呼吸与危重症医学科>、心血管病科、脾胃病科、老年病科、内分泌科、脑病科、肾病科）、外科、骨伤科、妇产科、儿科、针灸科、推拿科、肛肠科、皮肤性病科、蒙医科、康复科、口腔科、眼科、耳鼻咽喉科、重症医学科、感染性疾病科、麻醉科、治未病中心等临床科室，设检验科、医学影像科、超声医学科、功能检查科、内窥镜室等医技科室。拥有德国西门子1.5T磁共振、德国西门子64排螺旋CT、德国西门子悬吊式数字平板拍摄系统（DR）、美国GE单排螺旋CT、美国飞利浦IU-22彩超、日本岛津胃肠造影机、三星HERA W10彩超、GE LOGIQ E11彩超、全自动生化分析仪、德国西门子化学发光仪、日本奥林巴斯电子胃肠镜、美国菲利浦高精度监护仪、日本西森美康尿沉渣自动分析仪、五分类全自动血球计数仪、罗氏血气分析仪、肺功能仪、德国DRAGER多功能麻醉机、德国EVITA4呼吸机、全自动血凝仪、C型臂X光机、酶标仪、经颅多普勒、除颤仪等诊疗设备及辩证治疗仪、电脑骨伤治疗仪、肛肠科综合治疗仪、冲击波治疗仪、智能通络治疗仪、熏蒸床、康复设备等一批中医（蒙医）诊疗设备。

准格尔旗中蒙医院有内蒙古自治区中医临床重点专科2个（针灸科、脑病科），自治区中医（蒙医）特色优势重点专科5个(针灸科、脑病科、肺病科、儿科、脾胃病科)，自治区中医（蒙医）特色优势重点专科在建项目2个（内分泌科、骨伤科）。市级（旗区医院）学科：针灸推拿科，市级中医（蒙医）重点专科7个（肺病科、儿科、脾胃病科、骨伤科、内分泌科、肛肠科和蒙医科）；康复科被鄂尔多斯市中蒙医药管理局确定为“鄂尔多斯市中医康复示范中心”。

准格尔旗中蒙医院现有自治区基层名中医（蒙医）3人，内蒙古自治区中医（蒙医）学术经验继承指导老师8人，鄂尔多斯市名中医4人，鄂尔多斯市级中医蒙医学术经验继承指导老师6人，准格尔旗名中医1人。