学校医院现有在编职工94人，其中职称20人（含主任医师1名，主任药师1名），中级职称47人，南京市卫生局核定床位80张。医院设第一、第二门诊部、住院部、小卫街社区卫生服务站、仙林校区门诊部、江宁校区门诊部等六个部分。医院设有内、外、妇、儿、中医、眼科、口腔科、耳鼻喉科、预防保健科等22个科室。已形成以医疗、预防为中心，以内外科为主体，以脑血管病、风湿病治疗为服务特色的综合性医院。目前承担着教职工、学生、家属、附近工厂、兄弟院校和流动人口6万余人的医疗、预防保健任务。2006年医院再度被评为南京市传染病管理、预防保健、计划免疫等单位。

医院以“关爱师生、奉献社会、提供优质、满意的医疗、保健服务”为宗旨，以贯彻ISO9001：2000质量管理体系方针为指导，开展“与病人贴心、治疗精心、护理细心、生活关心、环境舒心、管理耐心”的“六心”服务活动，为师生员工、离退休老同志、社区居民提供优质的医疗卫生保健服务。2006年诊疗123600人次，其中门诊109972人次，急诊13635人次，住院694人次，抢救病人16人次。家庭病床123余人次，出诊治疗574次。