安徽中医药大学第二附属医院（安徽省针灸医院、安徽中医药大学第二临床医学院）创建于1985年，是全国早成立、目前也是全国规模大的集医疗、教学、、预防、保健、康复为一体的三级甲等针灸专科医院，是国家中医药管理局“中医药国际合作基地”、世界针灸学会联合会“临床基地”、国家中医药管理局“中医药标准化研究推广基地”、中国针灸学会“针灸标准化研究示范基地”、安徽省针灸临床国际联合研究中心，安徽省特色中医院，内设安徽省中医药科学院针灸临床研究所。

医院占地面积18790平方米，建筑面积51500平方米，设有28个临床科室，开放病区25个，医技科室9个，核定床位810张。医院现有在岗职工927人，职称163人。拥有全国名老中医学术经验继承导师9人，名老中医学术经验继承人45人；博士生导师8人，硕士生导师55人；全国名中医1人，江淮14人，安徽省国医名师3人，安徽省名中医16人，省政府1人，全国中医临床人才7人，全国中药传承人才3人，全国中医药创新骨干人才、西学中骨干人才、中医临床技术特色骨干共计5人，安徽省学术和技术带头人及后备人选2人，安徽省中医药人才及培养对象4人；临床重点专科带头人3人，国家中医药管理局“十三五”重点专科带头人8人，省级临床重点专科带头人10人，省级临床重点专病带头人3人。

医院设有脑病、骨伤、推拿、脾胃、老年病、康复、心内、内分泌、呼吸、肿瘤、皮肤、肛肠、妇、男、儿、外、五官、眼、口腔、急诊、麻醉、重症等临床科室及治未病中心。拥有国家中医药管理局重点学科2个，卫生部临床重点专科（中医专业）3个，国家中医药管理局重点专科 8个，安徽省中医药管理局重点专科7个、安徽省“十四五”省级中医特色优势专科3个、重点专病3个，国家名中医工作室7个，省名中医工作室21个。医院拥有核磁共振成像系统、多层螺旋CT、全自动生化分析仪等大型医疗仪器设备16台。拥有中医体质辨识系统、中药煎药包装机、中药制剂设备、中医推拿康复理疗设备等大型仪器。

“十三五”期间，医院承担各级各类项目共218项，其中项目4项，安徽省自然基金、安徽省中央引导地方科技发展专项等省部级项目53项、厅局级项目156项，横向合作项目10项。获省部级以上科技奖励15项，国家发明专利3项，实用新型专利13项。开展医院历代名老中医学术经验的整理和挖掘，发表论文130篇，形成专着3项。国家中医医疗服务标准化试点建设项目、中医药研究伦理审查体系（CAP）认证分别通过中期评估和现场审核。获批建设安徽省针灸临床医学研究中心，安徽省针灸临床国际联合研究中心在2020年度绩效评价中获得等次。针药结合防治脑病产业创新团队入选安徽省第十三批“115”产业创新团队。

医院连续多年荣获“安徽中医药大学集体”“合肥市文明单位”等荣誉称号，2017年8月荣获“全国卫生计生系统集体”称号。2019年、2021年分别荣获国家卫生健康委财务司2017-2018年、2020年全国医疗服务价格和成本监测与研究网络“机构”称号。2020年获“中国抗疫医疗专家组组派工作表现突出单位”荣誉。2018-2020连续三年在国家三级公立中医医院绩效考核中排名全国同类医院第三，等级A。